Acredito que possa ser por 2 fatores:
1. Os comandos nestas files estão com outras string(algumas files oferecem o custom dos comandos, pra, por exemplo, você poder mudar de "gmmove" para "gmove"/"mover" etc..)
2. Level de permissão(algumas files permitem configurar o level do "cargo" de gm a utilizar aquele comando. Files MuEmu, cada comando tem um level, de 1 a 5. Se o comando for level 2 e a id esteja configurada com level 1, ele não poderá usar aquele comando)