De fato, nenhum jogo de sucesso é programado com base de outro, mas os códigos fontes estão aí, nada impede de criar uma forma de facilidade maior para customizar seu servidor.
A iniciativa do projeto é realmente interessante, continue assim.
Ao meu ver, o que o Cronus quis dizer, é que a facilidade de modificações/adições no minecraft, é muito mais simples do que em mu online, independe do desenvolvedor da fonte.
Nesse caso, teria que obter o login do jogador, através do nome dele.
Basta executar um outro select, identificando de que conta seria este nome, feito isso, só executar o restante.