Olá!
Não, ele não possui sistema de proteção de skins, somente proteção de crc básica, do executável, player.bmd, item.bmd e gate.bmd.
Você diz proteger as skins de qual maneira? Proteger para que não seja substituídas?
Basta ligar a central em sua maquina onde hospeda o servidor, e configura-lá. Feito isso, basta dar hook da dll no main ou em algum sistema de plugin do seu servidor.