usa o install creator pro, é o melhor que tem, sempre uso ele, ele tem uma opção de por o arquivo na area de trabalho.
vc escolhe um ÍCONE (arquivo .ico) e depois escolhe o arquivo para o menu inicial, depois o arquivo que deseja que va para o desktop só isso,
ISSA OPÇÃO É A ULTIMA QUANDO VC TA CRIANDO O INSTALADOR ... TA ESCRITO EM INGLES MAS A FACIL DE ENTENDER