Por isso se utiliza uma hospedagem separada só pro update, eu contrataria uma seginda hospedagem host linux só pra isso ai não precisaria tirar a proteção em nenhuma página.
Más da pra fazer da seguinte forma, cria algumas pastas na hospedagem tipo: up6274374,dentro dessa pasta cria outra com outro nome complicado e joga o update lá.
Ai joga o update dentro dessa pasta criada, loga no cloudflare, lá vai ter um local que da pra você adicionar os locais que não deseja da proteção, adiciona esse.